Desde el año 1995 por iniciativa de la directora del programa de Bacteriología, Doctora Nelly Susana Rueda A. de la Pontificia Universidad Javeriana y la Doctora Raquel Restrepo Bernal Directora del programa de Bacteriología de la Universidad de Antioquia en ese mismo año. Inició un proceso de sensibilización a los decanos y directores de los programas en el país, sobre la necesidad de conformar una asociación académica disciplinar de los programas con el objetivo de desarrollar mecanismos  que contribuyan en la búsqueda de la excelencia académica de los programas del país.

Se llevaron a cabo reuniones en Bogotá, Medellín, Cartagena y Barranquilla, donde se fue madurando la idea, perfeccionando los estatutos y definiendo criterios y requisitos para los programas académicos fundadores como:

° Programas que tuvieran una aprobación oficial del estado.

° Contar a la fecha con un mínimo de seis promociones de egresados.

° Estar presente en la aprobación de los estatutos.

° Presentar documentos que expresen la voluntad y el respaldo de la institución dado por la rectoría de cada universidad.

Fue así como el 8 de mayo de 1997 se reunieron en las instalaciones de la Escuela de Bacteriología de la Universidad de Santander, los siguientes decanos y directores de los programas de Bacteriología:

° Colegio Mayor de Antioquia, Medellín, representado por la doctora Claudia Isabel Bedoya C.

° Universidad Colegio Mayor de Cundinamarca - Bogotá, representado por la doctora Esperanza Rivera.

° Pontificia Universidad Javeriana de Bogotá, representada por la doctora Nelly Susana Rueda A.

° Universidad de Antioquia - Medellín, representada por la doctora Raquel Restrepo Bernal.

° Universidad Industrial de Santander - Bucaramanga, representada por la doctora Ana Isabel Guaracao Ayala

° Universidad Católica de Manizales, representada por la doctora Luz Estella Ramírez Aristizabal.

° Universidad del Valle – Cali, representada por la doctora Blanca C. Ordóñez.

° Universidad Metropolitana de Barranquilla, representada por la doctora Aída Ortega Madarriaga.

Estás ocho instituciones de Educación Superior, cinco de carácter público y tres de carácter privada, constituyeron la Asociación Colombiana de Programas de  Bacteriología.

En esté decenio la Asociación, ha vinculado todos los programas de Bacteriología, Microbiología y bioanálisis que operan en el país como. El de la Universidad de San Buenaventura de Cartagena, Universidad Libre de Barranquilla, Universidad de Santander de Bucaramanga, Cúcuta y Valledupar, Corporación Universitaria Rafael Nuñez de Cartagena, Universidad de Boyacá, Universidad de Pamplona y la Universidad de Córdoba.

La asociación ha tenido verdaderos avances relacionados con la calidad ,  varios de sus programas tienen hoy la acreditación de alta calidad y los que cumplen con las condiciones iniciales están avanzando en estos procesos. La Asociación participó en la convocatoria  del Instituto Colombiano de Fomento a la Educación Superior, cuyo objetivo era la construcción de la prueba para examen de calidad de la educación  del 2004 y 2005 que se aplicaría a los estudiantes de Bacteriología, Microbiología y Bioanálisis del país.

Además es importante destacar la integración de la comunidad académica  a través de diversas actividades en la búsqueda permanente de a excelencia académica y de los objetivos comunes de los programas`.

Hoy la asociación orienta sus procesos a través de su plan estratégico y su plan de acción acorde con su misión y visión para lo cual fue creada.

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